作为蛋白质变性剂，可以溶解一些不溶的或变性蛋白质，例如内涵体；也可用于活性蛋白或酶的初始折叠。 作为提取细胞总RNA实验中的强烈变性剂。盐酸胍溶液可溶解蛋白质，导致细胞结构破坏，核蛋白二级结构破坏，从核酸上解离下来。还能够充分抑制细胞和整个组织的核糖核酸酶活性。 由于其生物学上的破坏特性，常称含有盐酸胍或者硫氰酸胍的缓冲液为离液缓冲液。

强的变性剂。异硫氰酸胍属于解偶剂，是一类强力的蛋白质变性剂，可溶解蛋白质,主要作用是裂解细胞，使细胞中的蛋白，核酸物质解聚得到释放，提取RNA和DNA。

用作防止沉淀的保护胶体，生化试剂，胶体稳定剂，乳化剂，胶粘剂。